Linka 1 (modrá linka) je nejstarší linkou v systému metra v Sofii. Má celkem 22 stanic a je dlouhá přibližně 22 km. Linka 1 spojuje město východní a západní částí, přes střed města, a je přestupní s dalšími linkami metra a také s některými tramvajovými a autobusovými linkami. Významné stanice na lince 1 zahrnují například Serdika (přestupní stanice s linkou 2), NDK (Národní kulturní palác), Sofijskou univerzitu a stanici Mladost.

Linka 2 (červená linka) má celkem 19 stanic a je dlouhá přibližně 17 km. Linka 2 spojuje severní a jižní část města, od stanice Obelya po stanici Vitosha. Je přestupní s linkou 1 na stanici Serdika a také s některými tramvajovými a autobusovými linkami. Významné stanice na lince 2 zahrnují například stanici Opalchenska, University a Business Park.

Linka 3 (modro-zelená linka) byla otevřena v roce 2020 a má celkem 8 stanic. Je dlouhá přibližně 7 km a spojuje stanice Vardar a Krasno Selo. Linka 3 je přestupní s linkou 1 na stanici Zapaden Park a také s některými tramvajovými a autobusovými linkami.

Systém metra v Sofii je velmi moderní, bezbariérový a ekologický. Všechny stanice jsou vybaveny klimatizací, informačními tabulemi, bezdrátovým připojením k internetu a bezpečnostními kamerami. Vlaky jsou velmi rychlé a jezdí v pravidelných intervalech, což umožňuje rychlé a pohodlné cestování po městě.